Otros de los mecanismos de fortalecimiento de operadores del servicio que fomenta el Fondo del Agua son las Alianzas entre Operadores de Agua (WOP, según sus siglas en inglés). Siguiendo los principios de la estrategia de la Alianza Mundial de Hermanamientos entre Operadores de Agua (GWOPA, por sus siglas en inglés) el fin es ayudar a los operadores de agua a ayudarse mutuamente, facilitando el intercambio entre pares entre dos o más operadores de agua, sin ánimo de lucro, con el objetivo de reforzar su capacidad, mejorar su rendimiento y permitirles prestar un mejor servicio a más personas.

Hasta el momento, se han puesto en marcha este tipo de hermanamientos en Bolivia, Honduras, Cuba y Ecuador, y ha resultado una herramienta muy útil para potenciar los intercambios y el conocimiento. A raíz de la buena experiencia de los WOPS, el Fondo ha promovido también otro tipo de hermanamientos: por ejemplo, entre las entidades responsables de la gestión del agua. Un ejemplo de ello fue el trabajo conjunto realizado entre la Confederación Hidrográfica del Júcar, en España, y el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales (MARN) de El Salvador.